В этом модуле реализован полный набор методов канонического анализа (дополняющий методы канонического анализа,  встроенные в другие модули, в частности Дисперсионный анализ и Дискриминантный анализ); работать можно как с файлами исходных данных, так и с корреляционными матрицами; вычисляются все стандартные статистики канонической корреляции (собственные векторы и собственные значения, коэффициенты избыточности, канонические веса, нагрузки,   дисперсии, критерии значимости для каждого из корней и др.), а также некоторые расширенные диагностики. Для каждого наблюдения могут быть вычислены значения канонических переменных, которые затем можно просмотреть на встроенных пиктографиках (а также добавить к файлу данных). В модуле Каноническая корреляция имеется большой набор графических средств (включая диаграммы собственых значений и канонических корреляций, диаграммы значений канонических переменных и много других). Подтверждающий анализ структурных связей между латентными переменными может быть также выполнен средствами модуля SEPATH (Моделирование структурными уравнениями и анализ путей).